La sensacionalista hipótesis que se extendió inmediatamente tras la muerte de Mozart fue la del envenenamiento, la cual está totalmente descartada en la actualidad.
En sus últimos días, el compositor confesó a Constanze que estaba seguro de que lo habían envenenado (con acqua toffana). Además, tras la muerte del genio, se sospechó que Mozart podía haber sido asesinado por Salieri (quien acabó sus días en un hospital psiquiátrico, acusándose de la muerte de Mozart), cuya enemistad era conocida. También se pensó que pudo ser envenenado por alguno de sus compañeros de la logia masónica a la que Mozart pertenecía.